Il Presidente del Consiglio Superiore è nominato con decreto del Presidente della Repubblica, previa deliberazione del Consiglio dei Ministri, su proposta del Ministro delle Infrastrutture ed è scelto fra personalità di riconosciuta competenza tecnica in materia di lavori pubblici, interne o esterne alle pubbliche amministrazioni.

Il Presidente convoca e presiede l'Assemblea Generale, assegna gli affari all'Assemblea Generale indicando i relatori e le commissioni relatrici, assegna gli affari alle Sezioni, programma le sedute dell'Assemblea Generale, assegna i componenti ed il personale delle Sezioni.

Il Presidente nomina le commissioni per l'elaborazione delle Norme tecniche e Linee guida a carattere normativo, dispone l'eventuale acquisizione del parere di una Sezione ovvero dell'Assemblea sugli atti aventi particolare rilevanza esterna predisposti dal Servizio tecnico centrale, delibera.

Dal 1859 ad oggi sono stati incaricati 52 Presidenti del Consiglio Superiore ( 1859 - 1906, 1906 - 1992, 1992 - ).

Il Presidente, nell'esercizio delle sue funzioni, si avvale della Segreteria generale, coordinata dal Segretario generale, che provvede alla gestione degli uffici a servizio del Consiglio Superiore e del relativo personale nonché all'attività amministrativa e contabile della struttura.

Il Presidente del Consiglio Superiore dei Lavori Pubblici protempore è l'ing. Massimo Sessa.